فلاجيكسين يمتلك خواص مضادة للأوالي، كما يمتلك فعالية ضد المشعرة المهبلية، والمتحول الزحاري، والجيارديا المعوية، كما له تأثير مضاد للجراثيم اللاهوائية، كحالات أخماج المهبل اللانوعية والقرحة المسببة بالجراثيم اللاهوائية، وقرحة الفراش.